Als PCR der dritten Generation vereint die digitale PCR (dPCR) die Prinzipen der konventionellen Endpunkt PCR mit denen der quantitativen PCR. Diese Kombination ermöglicht eine hochpräzise und absolute Quantifizierung, ohne die Notwendigkeit von externen Standards. Dabei werden die zu analysierenden Proben bei der dPCR in Tausende Einzelreaktionen aufgeteilt, was eine sehr robuste Analyse, unabhängig von der Amplifikationseffizienz ermöglicht. Die dPCR stellt daher besonders bei komplexen DNA-Matrizen eine attraktive Methode zur präzisen Quantifizierung dar. Das breite Anwendungsspektrum der dPCR umfasst dabei beispielsweise den Nachweis von seltenen Mutationen, die Bestimmung von Kopienzahlveränderungen oder auch Genexpressionsanalysen.